Para manter certas configurações sincronizadas, é uma boa ideia colocar os arquivos de configuração do aplicativo na pasta ~/Ubuntu One , por exemplo, ~/Ubuntu One/.myapp/myapp.conf ?
Veja O Ubuntu One suporta sincronização de configurações do sistema operacional? para alguma discussão sobre este ponto. Em geral, como dito acima, não é uma boa ideia sincronizar arquivos de configuração para aplicativos, porque os aplicativos não são gravados com a expectativa de que esses arquivos possam ser alterados. Para sincronizar as configurações do aplicativo, você realmente precisa da cooperação dos aplicativos.
Geralmente, não, não é uma boa idéia armazenar arquivos de configuração no Ubuntu One. Houve uma sessão na UDS Q sobre isso. Eu não tenho certeza de onde o fluxo de áudio é para isso no momento, ou a URL do Etherpad, mas vale a pena passar.
A maioria dos aplicativos não faz a coisa certa com o armazenamento de configurações (configuração / preferências), estado e detalhes de autenticação, e geralmente os agrupa. Além disso, mesmo que todos os aplicativos fizessem isso corretamente, usar a sincronização de arquivos do Ubuntu One é a maneira errada de sincronizar esses dados. O próximo u1db armazenamento estruturado de dados e suporte de sincronização, seria uma maneira muito melhor de fazer o trabalho.