scp --help ou man scp teria informado que a opção era -P port . Você também precisa declarar isso antes dos argumentos do arquivo:
scp -P 2000 -i ~/.ssh/id_rsa.pub [email protected]:~/.ssh/id_rsa_localbox.pub
Eu também não confiaria em links ~ -relative. Use caminhos completos, se puder.
Mas se você estiver copiando IDs, ssh-copy-id também tem uma opção para fornecer opções de conexão SSH:
ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa.pub '-p 2000 [email protected]'