Ele é armazenado como uma chave dconf
:
$ gsettings get com.canonical.Unity.Launcher favorites
['nautilus.desktop', 'chromium-browser.desktop', 'terminator.desktop', 'gedit.desktop',
'libreoffice-startcenter.desktop', 'banshee.desktop', 'ubuntu-software-center.desktop']
Não tenho certeza de uma maneira de fazer o que você quer de uma maneira compatível com a diretiva, além de corrigir o pacote que fornece o esquema padrão. Tenho certeza que você pode imaginar algumas abordagens hacky na pós-instalação.