Uma simples sugestão: Tente instalar o Timidity, que deve fornecer ao seu Ubuntu um sintetizador MIDI, permitindo que ele reproduza a saída MIDI.
Eu desenvolvo um aplicativo do Windows e estou curioso para saber se ele funciona via Wine. O aplicativo funciona bem com o Wine, mas não tenho som. Na verdade, não tenho certeza se minha instalação do Ubuntu tem recursos MIDI. As configurações de saída de som mostram "LFE on Separate Mono Output", um com "no amplifier" e outro com "amplifier". Ambos funcionam. Estou usando o Ubuntu 12.04 como um cliente no virtualbox que roda no windows 7.
Obrigado por qualquer sugestão!
EDIT: caixa virtual hospedada pelo windows 7, Ubuntu executado como um cliente no VirtualBox.
Uma simples sugestão: Tente instalar o Timidity, que deve fornecer ao seu Ubuntu um sintetizador MIDI, permitindo que ele reproduza a saída MIDI.