Eu acho que vai sincronizar tudo o que está na pasta do Ubuntu One como padrão, mas as outras pastas que você adicionou da sua pasta pessoal (E.G. Photo's, Music etc) precisam ser inscritas. Então você poderia colocar apenas o que você quer naquela máquina na pasta "Ubuntu One" e manter todo o resto em outra pasta em casa que tenha que ser inscrita!
Não tentei, mas é um pensamento,
.: Cezz:.