Bem, dependendo do que você está fazendo com o script, mas o fechamento de aplicativos pode ser feito pelo comando pkill , e para o seu caso específico, você pode dar uma olhada nisso. pkill Da Wikipedia
Nesse caso, descartar o pkill -3 acroread em um terminal (ou por meio do script de shell) resultará no "forçar o fechamento" do Adobe Acrobat Reader.
Boa sorte!