A solução que encontrei para mim mesmo para este problema foi usar wmctrl . Permite um controle muito granular sobre suas janelas. Então eu tenho um conjunto de terminais intitulado Acyrid-Live e Acyrid-Beta .
wmctrl -F -c Acyrid-Live só fechará essa janela
É um conjunto de ferramentas bastante útil.
Editar: Sim, percebo que este é um thread antigo, mas é também um dos resultados mais populares quando pesquiso como fechar terminais por título, então imaginei que postaria uma solução bem-sucedida.