Se você está fazendo uma atualização - seus arquivos pessoais, configurações e aplicativos que você instalou serão preservados, você não precisará reinstalá-los.
Se você estiver fazendo uma instalação limpa, precisará reinstalar os aplicativos.
Em ambos os casos, é aconselhável fazer um backup completo dos seus dados pessoais.
Em relação ao Unity - o Ubuntu 12.04 incluirá o chamado "modo de fallback", que é um pouco semelhante ao Gnome 2, embora não seja idêntico.
Você pode ver uma captura de tela aqui: link