Você já tentou cd /etc/xdg/autostart && sudo sed --in-place 's/NoDisplay=true/NoDisplay=false/g' bluetooth-applet.desktop && sudo sed --in-place 's/NoDisplay=true/NoDisplay=false/g' bluetooth-applet-unity.desktop
, indo para os aplicativos de inicialização e desmarcando a caixa? referência aqui .
Adicionando o material rfkill, deve causar qualquer dispositivo bluetooth para não associar. Então o seu "problema de segurança" está resolvido.
O applet é apenas um indicador. O applet Network-Manager ainda será iniciado se não estiver gerenciando nenhuma interface.
Os passos acima permitem que você desligue o applet.