Como o WUBI é instalado em um arquivo contêiner no sistema de arquivos NTFS existente, é completamente diferente de tentar acessar outra partição em uma situação tradicional de inicialização dupla. Se você tem certeza de que gosta do Ubuntu e está pronto para usá-lo regularmente, sugiro remover a instalação do WUBI (depois de salvar qualquer coisa que você tenha criado dentro do Ubuntu em uma unidade flash) e criar uma inicialização dupla em CD ou unidade flash. Há uma referência a isso em Como converter a instalação do Wubi em instalação normal? (Note, no entanto, minha resposta não sugere a migração da instalação, sugiro removê-lo e reinstalar o não-WUBI). A instalação normal preservará a inicialização do Windows e, quando você estiver no Ubuntu, terá acesso total à partição NTFS. Se bem me lembro, até pergunta se você deseja migrar dados, embora eu nunca tenha feito isso.
Eu tenho alguns computadores rodando dessa forma porque o all veio com o Windows, então eu apenas diminuo a partição do Windows e deixo lá, embora eu não tenha inicializado em algum tempo. A WUBI é uma ótima maneira de testar um computador, mas não é uma solução de longo prazo e tive vários problemas ao tentar fazer atualizações de distribuição. Então, se você gostar, pule para uma inicialização dupla normal.