Instale o Jupiter:
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/jupiter
sudo apt-get update
sudo apt-get install jupiter
Em seguida, mude para o modo de economia de energia ou energia on demand. Funciona muito bem para mim e para muitos outros que superaquecem problemas de CPU / GPU (tenho um DV7).
Se você não estiver disposto a instalar as coisas sem saber sobre elas, sugiro ler sobre isso em OmgUbuntu já que tem havido muitos comentários não apenas sobre o aumento da duração da bateria para laptops, mas também reduziu os problemas de aquecimento como é o seu caso (você pode monitorá-los se não estiver convencido entrar no modo de economia de energia ou no modo Power on Demand)
Ler a descrição no site Jupiter é uma ótima idéia, além de fornecer informações claras sobre a maneira como o applet funciona e como poderia ser útil para você.