Desabilite os efeitos de som do sistema ou, estou supondo que você queira desabilitar somente o som da captura de tela, mover ou renomear /usr/share/sounds/freedesktop/stereo/camera-shutter.oga
sudo mv /usr/share/sounds/freedesktop/stereo/camera-shutter.oga /usr/share/sounds/freedesktop/stereo/camera-shutter-disabled.oga