Ok, encontrei a resposta sozinho. Você não pode simplesmente usar o xrandr para alterar a tela principal (para obter o painel no monitor desejado). Ele funcionará, mas leva ao bug descrito acima.
Para que isso funcione corretamente, primeiro você precisa alterar uma configuração de gnome:
gconftool-2 -s --type boolean "/desktop/gnome/shell/windows/workspaces_only_on_primary" 0
Por padrão, o gnome usa o arquivo de configuração "~ / .config / monitores.xml" para ativar o (s) monitor (es) da maneira correta e também habilitar um segundo monitor quando encontrado. Haverá um grupo " configuração " para cada combinação de monitores conectados detectados anteriormente. No meu caso, existem dois desses grupos. Um para "2 monitores conectados" e um para "1 monitor conectado". (a propósito: você pode alterar esse arquivo de configuração usando o diálogo de configurações do monitor do gnome)
Por exemplo:
Primeiro: "2 monitores detectados"
<configuration>
<clone>no</clone>
<output name="LVDS1">
<vendor>APP</vendor>
<product>0x9ca3</product>
<serial>0x00000000</serial>
<width>1440</width>
<height>900</height>
<rate>60</rate>
<x>0</x>
<y>252</y>
<rotation>normal</rotation>
<reflect_x>no</reflect_x>
<reflect_y>no</reflect_y>
<primary>yes</primary>
</output>
<output name="VGA1">
</output>
<output name="HDMI1">
<vendor>SAM</vendor>
<product>0x041f</product>
<serial>0x4d593233</serial>
<width>2048</width>
<height>1152</height>
<rate>60</rate>
<x>1440</x>
<y>0</y>
<rotation>normal</rotation>
<reflect_x>no</reflect_x>
<reflect_y>no</reflect_y>
<primary>no</primary>
</output>
<output name="DP1">
</output>
Segundo: "1 monitor detectado"
<configuration>
<clone>no</clone>
<output name="LVDS1">
<vendor>APP</vendor>
<product>0x9ca3</product>
<serial>0x00000000</serial>
<width>1440</width>
<height>900</height>
<rate>60</rate>
<x>0</x>
<y>0</y>
<rotation>normal</rotation>
<reflect_x>no</reflect_x>
<reflect_y>no</reflect_y>
<primary>yes</primary>
</output>
<output name="VGA1">
</output>
<output name="HDMI1">
</output>
<output name="DP1">
</output>
Para obter a segunda tela como principal quando conectado, você só precisa alternar os valores " principais " no primeiro grupo " configuração ". Dessa forma, o gnome-shell detectará e ativará automaticamente o segundo monitor como primário e, é claro, sem nenhum erro, como espaço morto em papéis de parede ou em mosaicos ...