Eu "consertei" isso reinstalando enquanto deixava intacto o diretório pessoal.
Eu fiz o upgrade de 11.04 para 11.10 e agora estou perdendo a maioria dos arquivos em / run (minha outra máquina 11.10 tem 44 arquivos / pastas em / run enquanto o sistema quebrado tem apenas 11).
Uma das principais pastas em falta é / run / network, o que faz com que minha rede não funcione na inicialização.
Além disso, possivelmente relacionado quando eu faço uma inicialização normal eu recebo uma tela X em branco com um cursor X. Depois de matar X e fazer um startx manual, X carrega bastante bem, eu posso ver notificações de notifysend (como guake e dropbox) e posso executar alguns programas X (minha sinergia autoiniciada funciona bem).
Devo mencionar que minha atualização não ocorreu sem problemas e fez algo como dar um erro de que a atualização não foi concluída com êxito, seguida por uma mensagem de que minha atualização foi concluída com êxito.
Eu "consertei" isso reinstalando enquanto deixava intacto o diretório pessoal.
O diretório /run é uma tmpfs mount. Isso significa que o conteúdo do diretório não persiste durante as reinicializações. Se os arquivos estiverem faltando nesse diretório, isso significa que os programas que gravam no diretório não estão em execução (ou não foram executados). Não é um caso desses programas não serem executados devido a arquivos não encontrados nesse diretório.
Você mencionou que tentou uma atualização e não foi concluída com êxito. Sua melhor aposta seria tentar concluir essa atualização. Executar o seguinte na linha de comando provavelmente colocará seu sistema em um estado melhor:
sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade