Eu não acho que nada estava errado com o seu MBR ou sua unidade quando as partições recém-criadas apareceram como cruas. Infelizmente, não sei por que às vezes não é possível selecioná-lo no menu suspenso em gparted. Alguns antecedentes podem ajudá-lo a entender o que deveria estar acontecendo, no entanto.
Primeiro: o MBR. Para uma unidade externa, o MBR é apenas um contêiner para a tabela de partições primárias. Essa tabela ocupa a maior parte dos últimos 64 bytes do MBR, que são os primeiros 512 bytes de dados na unidade.
Para uma unidade inicializável, o MBR contém código para carregar o início do grub ou para carregar o início da primeira partição inicializável (por exemplo, Windows ou DOS). Este último é geralmente bastante intercambiável e você pode usar os utilitários do Windows para substituir um baunilha para esse assunto. Se a unidade precisar de algo especial, no entanto, ela poderia usar um fabricante especial fornecido pela MBR. Para unidades recentes, isso é bem incomum.
Quando você usou o gparted, especificou um tipo para cada partição. Você deve se certificar de que eles estão corretos.
As partições são raw até que você crie sistemas de arquivos nelas. Eles podem ser o Ext 3, para Unix ou NTFS ou uma versão do FAT para Windows. Para o Ubuntu, isso geralmente é feito pelo instalador do Ubuntu. O gparted escreveu uma nova tabela de partição primária no final do MBR dos discos externos e talvez tenha escrito alguma outra informação de partição em outro lugar, se você definiu alguma partição externa. O instalador do Ubuntu preencherá as partições com as quais os sistemas de arquivos que você diz para criar, apagando todos os dados lá. Então eles não estarão mais crus (embora o swap seja).
Ao instalar o Ubuntu, o sistema também irá querer instalar o GRUB2 para produzir uma janela de inicialização para selecionar qual sistema inicializar. Por padrão, isso acontece no disco primário (aquele do qual o sistema é inicializado). Isto muda o código na primeira parte do MBR na unidade que e instala o Grub2 em algum (geralmente) espaço livre entre o MBR e o final da primeira faixa. (O MBR é o primeiro setor da primeira faixa de uma unidade).
O Grub também pode ser instalado no MBR no disco secundário se você puder informar ao seu BIOS para inicializar a partir daí.
Ele também pode ser instalado em partições no disco secundário. Se você fizer isso, você precisa ter certeza de que o código no MBR é bom, o instalado pelo Windows funcionaria bem. A partição com o Grub instalado teria que ser marcada como inicializável.
Quando você está inicializando o Windows, o Grub encontra a partição em que está e então carrega o primeiro setor de sua partição, exatamente como o MBR original. Ao inicializar um kernel Linux, o Grub carrega o kernel inteiro e o inicia.
Como a tabela de partição primária ocupa a maior parte dos últimos 64 dos últimos 66 bytes do MBR, você não pode simplesmente usar uma cópia de setor para substituí-la sem eliminar sua tabela de partições. Se você fez isso, no entanto, você deve poder usar o gparted para recriá-lo. O gparted não deve apagar a parte do código do MBR em qualquer caso.