Todos os sistemas operacionais modernos (Windows7, o 'buntus, etc) fazem a verificação de erros de reparo ao inicializar. O que está acontecendo no seu caso é normal.
Eventualmente, após cerca de duas reinicializações do Windows7, ele aceita que exista outro sistema operacional no computador. Se ele contiver a mensagem: "... pressione qualquer tecla, se você não quiser ..." para checar o erro, então pare com a verificação de erros. Se você observar as verificações de erros, verá que elas não detectam mais erros, mas continuam com suas telas tolas.
Raramente eu uso o Win7 agora, mas quando faço isso, o Win7 odeia coisas que o Linux tolera, como nomes de arquivos com "?! ..." em seus nomes de arquivos. Isso é principalmente o que o Win7 está reclamando. Então eu deixo o Win7 fazer sua verificação do sistema de arquivos NTFS.Quando ele encontra 'erros', ele cria um diretório chamado dirxxx, com muitos arquivos com nomes filexxx.chk. Alguns desses arquivos são zero arquivos, então eu apago estes arquivos. Abaixo de 1 kilobyte - exclua estes. Outros são renomeados para filesxxx.txt, então (algumas vezes) examinados para colocar a extensão correta neles.
Às vezes pareço perder o trabalho, pois todos os meus dados, arquivos, temp, cache, etc. estão em partições compactadas com NTFS & amp; arquivos. Mas backups regulares e rastreamento de trabalho facilmente rastreável evitam perder meu trabalho & amp; dados.