Talvez você tenha problemas com a configuração do alsa-mixer.
A primeira coisa que eu faria no seu lugar é ir até o terminal e digitar "alsa-mixer". Isso levará você a configurações de áudio e poderá explorá-lo e algo pode estar errado. Ele tem uma ajuda embutida para que você não seja difícil fazer as coisas que você quer.
Se funcionar pelo menos algumas vezes, o lado do hardware é ok.
Meu palpite é que alguns softwares apenas alteram as configurações de áudio para suas necessidades e quebram as coisas.
Seria útil se você pudesse fornecer circunstâncias em que ele funciona ou não.
Você sempre pode reinstalar o alsa para verificar se algumas dependências estão faltando.
P.S .: Eu mesmo uso um sistema similar, mas eu instalei o lxde (não lubuntu-desktop) em uma instalação mínima, então eu deveria ter menos coisas instaladas.