Sinto muito que isso seja um pouco tarde, mas espero que ainda seja útil para você e para os outros. Eu nunca encontrei o método 'exo' para trabalhar e foi chato instalar um aplicativo para esse propósito, então eu procurei pelo método manual. A maneira de definir corretamente esta opção (para o usuário local atual) é editar o arquivo
~/.local/share/applications/mimeapps.list
e adicione este trecho à parte inferior
inode/directory=Thunar.desktop
para que pareça com o que estou vinculando abaixo.
Eu acredito que outra maneira de defini-lo é
xdg-mime default Thunar.desktop inode/directory
mas não me lembro se funciona exatamente da mesma maneira que o método que postei acima.
Não tenho certeza se você precisa fazer logout ou não para que isso tenha efeito, mas certamente é muito mais fácil do que usar algum script, substituir binários ou outros tipos de hackers. A única coisa que não sei mudar é a caixa de diálogo do selecionador de arquivos. A configuração é determinada pelo GTK, mas parece não haver uma maneira de configurá-lo. Eu espero que isso ajude. :)
(Se depois de um tempo você decidir que quer a lista rápida do Unity para Thunar também, abra outra pergunta e eu responderei também)