Em um terminal ( Ctrl + Alt + T ), você pode remover o bit executável de todos os arquivos e diretórios daquele caminho:
chmod a-x /the/screwed/up/path
Então você pode adicionar o bit executável de volta a todos os diretórios:
chmod a+X /the/screwed/up/path
Isso deixaria você sem arquivos nesse caminho sendo executáveis para qualquer um, exceto os diretórios que são executáveis (pesquisáveis) para todos os usuários.
Se você também quiser aplicar isso a todos os arquivos em subdiretórios nesse caminho, adicione a opção -R
a ambos os chmod
s.