Esta pergunta foi feita ao mantenedor do Marlin no Ubuntu Launchpad no final de maio de 2011. Este é o link para a resposta que foi marcada como resolvida.
Como definir o Marlin como gerenciador de arquivos padrão
Observe esta resposta dada pelo mantenedor em 1º de junho de 2011:
Olá, para fazer o gerenciador de arquivos padrão marlin, basta clicar em uma pasta nautilus "abrir com" e selecione marlin e verifique o aplicativo padrão. No entanto, o nautilus no gnome também desenha a área de trabalho, o marlin não, você pode desabilitar o desktop nautilus via gconf ou vc pode remover o gerenciador de arquivos flag nos arquivos da sessão (se você estiver usando unidade) ou no gconf em outros sistemas.
De qualquer forma, é um pouco mais cedo para tornar o marlin um aplicativo padrão, ainda não lançado, vamos encontrar uma maneira automatizada de torná-lo padrão quando a hora chegou.
Teste feliz.
Uma pergunta semelhante foi feita novamente em 10 de dezembro de 2011 e também marcada como resolvida. Aqui está o link.
Outra questão do Launchpad sobre tornar o Marlin o gerenciador de arquivos padrão
Então, você está usando um aplicativo que ainda está sendo desenvolvido e talvez esteja apto para testes, mas ainda não está pronto para ser um substituto do Nautilus. Pode funcionar bem como um gerenciador de arquivos simples, mas o Nautilus faz mais do que navegar em arquivos e pastas. É por isso que o Nautilus se abre quando você executa as ações que descreve.
Parece também que Marlin é mais adequado para o ambiente desktop Xfce do que o ambiente Gnome, seja Gnome 2 ou Gnome 3
Aqui está um link para o pacote exo-utils mencionado nos outros links. Observe esta descrição:
Este pacote contém o plugin de configurações do Xfce e os arquivos do utilitário para ....
Link do Launchpad para o pacote Oneiric do exo-utils
A única outra coisa que posso adicionar é que você encontrará o pacote exo-utils no Centro de software do Ubuntu, mas observe que ele está listado como sendo um plugin de configurações do Xfce. Você não está usando o Xfce. Essa é a causa do seu problema e a resposta?
Cumprimentos e testes felizes