Eu entendo o que você está querendo realizar, mas, IMO, isso não é realmente um script de inicialização, e sim uma questão de como automatizar atualizações.
Eu configuraria as atualizações automáticas em synatpic (gráfico) ou com upgrades não assistidos (linha de comando).
Você pode precisar instalar o synaptic
sudo apt-get install synaptic
Em seguida, configure as atualizações automáticas na guia Atualizações
Se você quiser instalar automaticamente essas atualizações sem notificá-lo, verifique a opção Install security updates without confirmation
. Acredito que isso irá instalar todas as atualizações de todos os repositórios que você selecionou, e não apenas a segurança (foi a última vez que olhei).
Para fazer isso a partir da linha de comando, instale unattended-upgrades
sudo apt-get install unattended-upgrades
atualizações autônomas são destinadas a atualizações de segurança em servidores, mas podem ser configuradas de acordo com suas necessidades
Edite o /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades
# command line
sudo -e /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades
# graphical
gksu gedit /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades
Adicione os repositórios que você deseja usar para suas atualizações.
Para detalhes, consulte Atualizações autônomas do Ubuntu Server Guide
Ao usar sua máquina, se você encontrar um bug, confirme se está atualizado e pesquise relatórios de erros duplicados, conforme indicado acima.