Isso é provável se você estiver usando o driver proprietário do ATI Catalyst (fglrx), que tem um bug conhecido aqui. Você pode contorná-lo se abrir a ferramenta Drivers Adicionais e remover o fglrx, para que o Ubuntu volte para o driver free radeon. Isso, é claro, afetará bastante o desempenho 3D, mas o Gnome Shell provavelmente funcionará bem e você ganhará uma tela de inicialização mais bonita.