Para o que eu sei, diferentes gerenciadores de pacotes podem ter opiniões diferentes sobre quais pacotes são instalados automaticamente, ou pelo menos era verdade há algum tempo, não tenho certeza se ainda é assim.
Isso pode ter consequências no subcomando autoremove (esteja ciente de que o aptitude não possui um subcomando autoremove, mas executa autoremove automaticamente).
Então, um pode ter pacotes inúteis por aí, não um grande problema, de qualquer maneira.
Além disso, eles podem ter opiniões diferentes sobre quais pacotes estão bloqueados, mas isso não deve ser um problema para o usuário normal que geralmente não usa esse recurso.
Os algoritmos de resolução de dependências e conflitos são mais ou menos equivalentes, então, em conclusão, acho que o usuário pode misturar o uso de diferentes gerenciadores de pacotes sem o medo de quebrar algo.