Acho que nenhuma das suas hipóteses está correta. A senha mestra é apenas uma conveniência para não inserir várias senhas se você tiver configurado várias contas no Thunderbird: com uma senha mestra, você só precisa digitar uma senha exclusiva para desbloquear todas as contas.
Além disso, você pode obter uma segurança reduzida com a Senha Mestra, porque o Thunderbird precisa salvar toda a sua senha em algum lugar. Não se preocupe, de qualquer forma, tenho certeza de que usa criptografia strong usando sua senha mestra como senha.