Isso foi corrigido na versão enviada no Natty. Se você não quer atualizar, você pode usar uma versão de ponta do Ubuntu One usando o PPA quase, embora ele venha com algum risco de quebrar de tempos em tempos: link
Eu tenho vários arquivos grandes armazenados no U1. Quando eu movo um arquivo para outra pasta (que também é sincronizada), ele dispara um novo upload do arquivo. O mesmo acontece se eu copiar o arquivo para outra pasta. O U1 não usa o hash para identificar arquivos semelhantes e economizar largura de banda?
Usando o U1 no Lucid.
Isso foi corrigido na versão enviada no Natty. Se você não quer atualizar, você pode usar uma versão de ponta do Ubuntu One usando o PPA quase, embora ele venha com algum risco de quebrar de tempos em tempos: link