Eu tenho dois monitores, com o lado direito um sendo um pouco menor nas configurações de exibição. No entanto, quaisquer notificações que recebo do notificar-osd (incluindo pidgin, notify-send, etc) são enviadas para a parte superior da tela do monitor direito, o que resulta em ser invisível.
E aqui está uma foto das minhas preferências de monitor:
Eu já usei o plugin Wallpaper no compiz para costurar meus desktops e, em seguida, desinstalei os compiz-extras. Estou usando o Ubuntu 11.04 no modo clássico.
Infelizmente, isso é um bug, e a incapacidade de configurar a posição de notify-osd para evitar que isso aconteça é um recurso.
Por sorte, no espírito do código aberto, alguém criou uma versão corrigida que pode ser configurada e posicionada manualmente: