Para responder mais diretamente à primeira parte de sua primeira pergunta, não posso dizer se você deve restaurar os discos da HP ou instalar o Windows de outra maneira. Isso é com você, realmente, e sua escolha tem mais a ver com suas preferências para o que está na instalação do Windows do que com a forma como o Ubuntu irá reagir a ela.
A segunda parte da sua primeira pergunta é difícil de responder. O Ubuntu inicializará no modo BIOS ou no modo EFI e qual depende do firmware e das opções que ele fornece para controlar o processo de inicialização. Muitas implementações EFI fornecem controle muito ruim sobre esse assunto, então pode ser um pouco problemático. Na pior das hipóteses, no entanto, o Ubuntu irá instalar no modo BIOS e você será capaz de converter para o modo EFI, alternando o carregador de boot. Você pode forçar uma instalação no modo EFI instalando meu gerenciador de inicialização rEFInd e inicializando o instalador do Ubuntu via rEFInd. (Você pode querer o rEFInd ou algo semelhante para alternar entre o Windows e o Ubuntu assim que tudo estiver em execução; portanto, instalá-lo agora pode ser benéfico a longo prazo.) Por padrão, o rEFInd mostra apenas sistemas operacionais inicializáveis por EFI, incluindo instaladores de disco óptico. Então, se você inicializar o instalador do Ubuntu via rEFInd, você pode ter certeza que ele está sendo executado no modo EFI. Ele irá então instalar o grub-efi ao invés de grub-pc, então você não deve precisar lidar com o modo de inicialização após a instalação.
Sua segunda pergunta é um pouco incerta para mim. Você certamente pode particionar seu disco antes do tempo, usando o esquema de particionamento Master Boot Record (MBR) ou GUID Partition Table (GPT). Você também pode criar um ESP antes do tempo, se quiser. (Na verdade, eu recomendo fazer isso ao invés de deixar o Ubuntu criar o ESP; o ESP padrão do Ubuntu tem cerca de 1/10 do tamanho que deveria ser! Eu recomendo usar um ESP na faixa de 200-500 MiB.)