Dê uma olhada no conteúdo do mimeapps.list com:
more ~/.local/share/applications/mimeapps.list
Em algum lugar, você terá uma configuração que diz que deve abrir pastas ou arquivos específicos com o gedit.
O título com [aplicativo padrão] pode ser usado para criar uma nova / padrão mimeapps.list:
[Default Applications]
text/html=chromium-browser.desktop
x-scheme-handler/http=chromium-browser.desktop
x-scheme-handler/https=chromium-browser.desktop
x-scheme-handler/about=chromium-browser.desktop
x-scheme-handler/unknown=chromium-browser.desktop
video/x-matroska=smplayer.desktop
video/x-ogm+ogg=smplayer.desktop
audio/x-vorbis+ogg=smplayer.desktop
video/mp4=smplayer.desktop
video/x-msvideo=smplayer.desktop
[Added Associations]
video/x-matroska=smplayer.desktop;
video/x-ogm+ogg=smplayer.desktop;
audio/x-vorbis+ogg=smplayer.desktop;
video/mp4=smplayer.desktop;
video/x-msvideo=smplayer.desktop;