Eu não usei eclipse por um tempo, mas se bem me lembro, a visualização do console usa a cor vermelha para stderr.
Se você deseja executar seu aplicativo e obter a cor vermelha para mensagens de erro, imprima-as para stderr em vez de stdout.
Quando executo o script bash no eclipse, a saída do erro é escrita em texto vermelho. Eu tenho algum comportamento no meu código que está deixando "usuário" saber que ocorreu um erro, como fazer com que o erro pareça erro?
Eu não usei eclipse por um tempo, mas se bem me lembro, a visualização do console usa a cor vermelha para stderr.
Se você deseja executar seu aplicativo e obter a cor vermelha para mensagens de erro, imprima-as para stderr em vez de stdout.