você pode executar o eclipse (ou qualquer outro programa) como root pressionando Alt-F2 e digitando gksu eclipse (ou gksudo) No entanto, eu não recomendaria isso, já que executar um programa como executar nunca é uma boa ideia.
Uma solução melhor seria abrir um terminal e criar o diretório / var / www / myProjName e depois dar a você permissão para escrever:
sudo mkdir /var/www/myProjName
sudo chown yourusername myProjName
que esperamos que funcione para você