Soa como problema de furar as teclas, às vezes, se em uma sessão de vnc a tecla ALT ou Super foi pressionada, ela pode se colar e pressionar qualquer tecla será com as teclas ALT ou Super. Eu tive esse problema quando trabalhei via vnc com outras pessoas. Por outro lado, pode haver algumas configurações no sistema operacional do servidor vnc relacionadas às configurações das teclas de bloqueio.