Da página de manual bash :
Na inicialização, o histórico é inicializado do arquivo nomeado pela variável HISTFILE (default ~ / .bash_history) ...
Quando um shell interativo sai, o últimas linhas $ HISTSIZE são copiadas de a lista de histórico para $ HISTFILE. Se o A opção do shell histappend está ativada (veja a descrição de shopt sob os COMANDOS SHELL BUILTIN abaixo), as linhas são anexadas ao histórico arquivo, caso contrário, o arquivo de histórico é sobrescrito ...
Portanto, somente ao sair, o arquivo ~/.bash_history é atualizado e, se histappend estiver definido, o padrão, esse arquivo não será sobrescrito.
Minha sugestão, remova ~/.bash_history e, em seguida, execute history -c .