Todos os volumes devem ser montados para serem utilizáveis, por isso, mesmo que você altere o sistema de arquivos em sua unidade "D: \", ainda precisará montá-lo. Dito isso, você provavelmente não notará muita diferença entre o ext4 e o NTFS. Não é provável que uma única máquina virtual force os limites de qualquer sistema de arquivos.
Se o desempenho é uma grande preocupação, você vai querer pesquisar técnicas de benchmarking de sistema de arquivos. Phoronix tem algumas informações sobre esses assuntos.
Uma nota lateral:
O ambiente do Gnome lida com muitos detalhes de montagem de volume, mas as montagens não são persistentes: após a reinicialização, a montagem desaparecerá. Para qualquer tipo de uso não trivial (como a virtualização), você desejará montar sua unidade "D: \" com uma entrada /etc/fstab
para que seja montada quando o sistema for inicializado.