Dependendo da versão do Ubuntu em que você está, o que você está vendo é normal. Pastas são criadas primeiro e depois arquivos. Muito devagar, se estamos falando de milhares de arquivos.
Nós trabalhamos para consertar essa lentidão e isso deve ser muito melhor no momento em que lançarmos Natty, em Natty; versões mais antigas receberão as acelerações logo depois disso.
Enquanto isso, para ter certeza de que você está progredindo, você pode seguir as instruções em Como posso saber se a sincronização de arquivos do Ubuntu One está funcionando? e que progresso está fazendo?