Pode ser tão simples quanto
iconv --from-code $enc input-file |
sed 's/é/\'\''e/;s/ü/\"e/;s/ã/\~a/' |
iconv -to-code $enc >converted-input-file
onde a variável enc
contém a codificação do arquivo de entrada, uma das sequências obtidas de iconv -l
.