Isto é porque você está logando em uma sessão unit-2d que não usa compiz. Várias razões possíveis -
Você está escolhendo o Unity-2d no login em vez do Ubuntu
Seu hardware ou drivers de vídeo atuais não suportam 3d, então você está voltando para a unidade-2d. Para verificar, execute isto em um terminal
/usr/lib/nux/unity_support_test -p
Depois de verificar o acima, você terá uma ideia melhor de como proceder