/usr/share geralmente contém dados somente leitura. Você provavelmente está procurando o diretório /var/lib/tomcat6/ que contém os dois diretórios conf e logs .
skel é a abreviação de "esqueleto", o que significa que deve ser copiado em algum lugar.
De acordo com o manual do Ubuntu sobre o tomcat , você deve criar uma instância com:
tomcat6-create-instance tomcat-instance
Isso criará um diretório chamado "tomcat-instance" contendo alguns subdiretórios como conf . Para iniciá-lo, execute:
tomcat-instance/bin/startup.sh
Para mais informações e outros links, consulte o manual do Ubuntu .