O Unity não permite ícones de notificação regulares porque não são mais suportados. Você pode tê-los aparecer se você adicioná-los à whitelist (isso foi perguntado antes, aqui está a resposta ).
O Skype aparece porque os desenvolvedores decidiram colocar na lista de permissões, já que muitas pessoas o usam. Pessoalmente, discordo desse movimento porque o Skype LLC abandonou o desenvolvimento do Linux fora do Skype Kit, e as distribuições do Linux devem parar de dar a elas suporte em suas tolices.