Tente
gconftool --recursive-unset /apps/gnome-terminal
ou:
No terminal, clique no menu 'Editar' e depois em 'Preferências de perfil'. Ele irá aparecer a janela 'Editing Profile'. Para redefinir a cor, certifique-se de selecionar a caixa de seleção "Usar cores do tema do sistema" na guia "Cores".