Use um wrapper em torno do comando crontab , por exemplo, essa função faria:
crontab () { [[ $@ =~ -[iel]*r ]] && echo '"r" not allowed' || command crontab "$@" ;}
Esta função verifica se -r existe no argumento crontab ; se assim for, sai com a mensagem "r" not allowed , caso contrário, executa o comando.
Coloque em seu ~/.bashrc para carregá-lo na inicialização de todas as sessões bash interativas.