Resolvi o problema removendo algumas coisas em ~/.cache . Especificamente, renomei essas quatro pastas em ~/.cache :
apturl-gtk
com.canonical.certification.checkbox-touch
compizconfig-1
com.ubuntu.checkbox
Em seguida, reiniciamos o Unity com $ unity e vimos que o Unity foi lançado corretamente. Tentei refinar qual dos quatro resolveu o problema restaurando cada pasta uma a uma, mas não consegui recriar o problema original / shrug
Meus colegas suspeitam que compizconfig-1 foi o culpado.