Você pode criar um arquivo simples .desktop (digamos, rhythmbox.desktop ) na área de trabalho com conteúdo como este:
[Desktop Entry]
Comment=Any comment you like
Terminal=false
Name=Rhythmbox
Exec=path/to/Rhythmbox/binary
Type=Application
Icon=path/to/Rhythmbox/icon
NoDisplay=false
Você pode usar Exec=rhythmbox %U , Icon=rhythmbox no caso do Rhythmbox em particular.
Como alternativa, você pode copiar o arquivo .desktop pretendido para o Desktop a partir de /usr/share/applications/ .
Em seguida, clique com o botão direito do mouse no arquivo .desktop e marque a opção "Permitir execução do arquivo como programa" em Permissões .