Após ter 15 minutos de googling, encontrei a solução (consulte bug do launchpad 1604439 ).
A solução:
caja-dropbox autostart y
Após a reinicialização, o Dropbox mostra seu ícone na bandeja do sistema, o Caja mostra o ícone de sobreposição na pasta ~/Dropbox
e funciona corretamente.
Nota: esta solução também funciona no Ubuntu 18.04 LTS.