Crie um novo projeto Geany (Projeto > Novo) e configure o diretório para onde seus arquivos de projeto estão.
Acho que você está confundindo a guia 'Documentos' vista na barra lateral do 'Navegador de arquivos' . Para ver o Navegador de arquivos, vá para Ferramentas > Plugins e ative / marque o plug-in Navegador de arquivos .
Editar: O campo Filename cria o arquivo de projeto Geany (ProjectName.geany). O Caminho básico é usado para executar os comandos do menu Build (para compilação, etc.).
Recomenda-se manter todos os seus arquivos no mesmo diretório criado no campo Nome do arquivo .