parâmetro de tempo limite de envio de notificação
O parâmetro notify-send time out é definido com a opção -t . No seu caso, é -t 0 ou 0 segundos, que é traduzido como "para sempre". Como tal, em vez de uma bolha pop-up normal no canto superior direito, ela é exibida como uma caixa de diálogo.
Portanto, para esta parte da sua pergunta, o sistema está funcionando normalmente.
Apenas notificações críticas estão aparecendo
O nível de urgência pode ser passado como "baixo", "normal" ou "crítico" usando a opção -u . Em seu ambiente (por motivos ainda a serem descobertos) apenas mensagens com nível de urgência "crítico" estão aparecendo:
notify-send --urgency=critical "Critical test"
Se você estiver assistindo a um vídeo, as mensagens normais de urgência não serão exibidas. Isso é conhecido como modo "Não incomodar" introduzido no Ubuntu 10.04 .
Eu testei isso tanto no FireFox quanto no Chrome, tanto na tela inteira quanto na tela inteira, nas versões 4.4.0-104 e 4.4.10-42 do Kernel.