diff -Naur d1 d2 > patchfile.txt
patch -p0 <patchfile.txt
... você quis dizer:
cd d1; patch -p1 < ../patchfile.txt
Afinal, o arquivo de patch contém mudanças que ocorreram (novo arquivo em d2
). Não há nenhum ponto em dizer para fazer o que já foi feito, existe?