UIDs são usados no sistema de arquivos. Isso geralmente é um problema se você tiver volumes NFS compartilhados em vários computadores, já que ele segue o UID e não o nome de usuário. Além disso, diferentes distros podem iniciar a numeração UID em diferentes pontos.
Mas sim, o que você diz é verdade. Observe que o Unix FS ACL não protege contra alguém que tenha uma cópia offline dos dados. Eles estão livres para montar a unidade em uma caixa onde eles são root. As ACLs protegem os dados contra acesso não intencional enquanto o sistema operacional está em execução.