Primeiro, estas são unidades de partição não. Você fez backup de seus dados?
Em segundo lugar, o Windows não pode ler as partições do linux sem o software de terceiros sendo instalado. É por isso que os dois desapareceram das janelas.Em terceiro lugar, se essas forem partições NTFS, o Ubuntu as formatou para instalar o sistema de arquivos.
Você provavelmente pode recuperar suas partições e arquivos usando ferramentas de recuperação no Windows; no entanto, haverá perda de dados, pois alguns dos arquivos foram invariavelmente substituídos pela instalação