Na página do manual ecryptfs , tente montá-lo em algum lugar como uma pasta normal e, em seguida, execute seu comando tar.
sudo -i
mkdir /mnt/usermount 2>/dev/null
cd /
mount -t ecryptfs /home/user /mnt/usermount -o passwd=<your_pass_phrase> no_sig_cache
tar -cvpzf sysbackup-20110821.tar.gz \
--exclude=/sysbackup-20110821.tar.gz \
--exclude=/proc \
--exclude=/lost+found \
--exclude=/sys \
--exclude=/media \
--exclude=/dev /
umount /mnt/usermount
rm -rf /mnt/usermount
Note acima que eu removi o --exclude /mnt
e também criei o diretório /mnt/usermount
para o caso de você não tê-lo.