você terá que mudar o ícone na pasta do sistema e nomear o seu novo o mesmo que o antigo, seria uma boa idéia manter o antigo ícone caso você queira alterá-lo
ícones são armazenados em
/usr/share/icons/
depois, há mais algumas pastas primeiro 1 será o tema do seu ícone e, em seguida, o seguinte são os tamanhos dos ícones
você também pode alterar o caminho do ícone no arquivo .desktop, geralmente em
/usr/share/applications/
ou em
~/.local/share/applications/